《蔣介石日記》是這麼說明的：本攫取中國之土地，如東北四省與台灣、澎湖群島，應皆歸還中國。惟琉球可由國際機構委託中美共管，此由余提議，一以安美國之心，二以琉球在甲午之前已屬日本，三以此區由美國共管實較我專管為妥也。
至於美國的態度，對於盟友要求日本返還領土，它基本表示同意，比如中國要求收復台灣、蘇聯要求收復南庫頁島和千島群島，其爭議處仍然是琉球。因為琉球是「適合做軍事基地的重要領土」。
一直到現在，琉球群島都保留了大量美軍基地
所以，對於琉球的主權，會議並沒有做出明確的規定，《開羅宣言》的起草者之一、美國國務院遠東局官員博頓指出：「宣言」起草過程中考慮到了琉球問題，國務院及美國軍方出於「種種對外考慮」，認為明確提及琉球不妥，也沒有必要。
所以，琉球群島的主權實際上是一個懸案，至於其到底算不算「所決定的其它小島」，各方看法也不一樣，但是大家都明白一點——如果此時盟軍（實際是美國）要讓琉球出去，那非常簡單，日本不敢說半個不字。
「……我們隨時都可以將沖繩、以及琉球列島的其他島嶼定義為不屬於「其他小島」——《戰後對日政策的建議》，美國國務院政策設計組首任長官凱南，1948 年 3 月 26 日
至於琉球群島的具體情況，它當然是被美國控制的，美國為了打下這裡可是傷亡了10萬人，不可能讓出去。
所以當時琉球群島的實際情況是：美國控制，主權未定。
那麼美國內部是準備怎麼處理琉球的呢？這也分兩大派：國務院從政治角度強調應該將琉球歸還日本，僅僅把琉球群島的軍事基地作為「戰略託管地區」；而參謀長聯席會議從軍事戰略角度主張將整個琉球群島作為「戰略託管區域」。
由於二戰之後，世界迅速陷入「冷戰」，日本對美國的重要性突然增加，美國就對日本鬆綁了，不想再過度打壓日本。1951年《舊金山和約》簽訂了，這個條約算是理清楚了大部分領土問題：日本承認朝鮮獨立、放棄台灣、澎湖、千島群島、庫頁島南部、南沙群島、西沙群島等地之主權。
當然，琉球也有少量獨立的呼聲
不過琉球的主權還是沒確定，日本「同意美國對於琉球群島等島嶼交付聯合國託管」。當然美國也不敢將琉球還給日本，仍然是自己在統治。
美國統治琉球的時候，也的確是做了一些措施希望琉球和日本本土分離，以更有利於自身統治的，比如儘量不使用「沖繩」而使用「琉球」等「異化政策」，美國本希望漸漸讓琉球從日本分離並獨立。
戰後琉球人有強大的回歸日本的呼聲
然而還是因為冷戰，美國意識到，如果將琉球群島託管，便不能有效利用琉球群島來與蘇聯對抗、防止其勢力進入太平洋。因此美國決定，撤回以琉球獨立為前提的託管計劃，認可日本對琉球的潛在主權，以維持以軍隊統治琉球的型態。
然而，由於美國統治並不成功，加之日本早已同化琉球，所以琉球人反而很多希望回歸日本，甚至還發生過反美暴動，於是1971年6月17日，美日簽訂《沖繩返還協定》，並於1972年5月15日正式將琉球群島的管理權移交日本。
但是，至於琉球群島的主權，儘管如今基本沒有國家對於歸屬日本正式表示過異議（民間不算），但實際上並沒有國際法給日本背書。
